A hal nehézfémekkel (higany, kadmium, arzén, ólom), peszticidekkel, dioxinokkal, furánokkal és PCB-kkel szennyezett lehet. Ezek a mérgező anyagok elsősorban a hal bőrén és a kopoltyúin keresztül jutnak be. Ezért ajánlatos mindig eltávolítani a halak bőrét, hogy korlátozzuk a káros anyagok bevitelét. A kis halak (szardella, szardínia, makréla) kevesebb mérgező anyagot tartalmaznak, mint a nagy halfajok.
Néhány nagy halfaj (cápa, marlin, kardhal, király makréla, cserepeshal) sok higanyt tartalmaz, ezért terhesség vagy szoptatás alatt nem ajánlott a fogyasztásuk. A tonhal (friss vagy konzerv), a Balti-tengerből származó vad lazac és a hering szintén csak korlátozott mértékben fogyasztható (heti 1 adag) a szennyeződés mértéke miatt. Egy kiváló minőségű halolaj étrend-kiegészítő biztonságos alternatívát kínál ezekben az esetekben.
Azok számára, akik nem szeretik a halat, vagy nem akarnak halat fogyasztani, a tengeri algák jelentenek alternatívát. Az algaolaj az EPA és a DHA egyetlen növényi forrása. Az algákból származó omega-3 zsírsavak étrend-kiegészítőként kaphatók.